随着作为“大众阅读版本”的俄文版第2版的陆续刊行，编辑专门为学术研究之用的新的历史考证版的必要性更显突出，呼声也愈加高涨，到上世纪60年代末苏联马克思恩格斯研究院和柏林马克思恩格斯研究院达成协议共同编辑出版历史考证版第2版。1972年出试编本，1975年正式出版了第1卷，到1990年共出版43卷。苏东事件使这一工作遭受重创。为了避免像第1版那样重蹈夭折的命运，经过多方讨论，柏林和莫斯科两个研究院之外，荷兰阿姆斯特丹国际社会史研究所和德国特里尔马克思故居研究所等作为主要力量加入，重新确定了编辑原则：一是国际化，即这项工程只能在国际范围内实现，要吸收更多的国家和研究机构参加；二是学术性，即为了各方能进行合作，必须放弃任何意识形态成见。1990年5月四家机构商定建立“国际马克思恩格斯基金会”，10月基金会的理事会在阿姆斯特丹成立，并接受了历史考证版第2版的出版权。到目前为止共出版55卷。

　　历史考证版第2版包括四个部分：第一部分是除《资本论》及其准备著作以外的全部著作和草稿，共32卷，已出版17卷，正在编辑中的9卷，列入计划的有6卷。第二部分是《资本论》及其手稿卷，共15卷，除了第4卷第3册外其他卷次已经全部出版。第三部分是书信卷，共35卷，已出版12卷，正在进行中的有5卷，列入计划的有18卷。第四部分是摘录、笔记卷，共32卷，已出版11卷，正在进行中的有10卷，列入计划的有11卷。

　　按照历史考证版的总原则和调整后的编辑方针，这一版本将所有已发现的马克思、恩格斯的文字材料（当时还没有录音）一律收入，包括读书批注，边页上打的记号，赠书题字等等；而且全部文献都以原著文字刊出，这就避免了转译带来的歧义及其他弊端；同一著作的不同稿本一律刊出，某些著作的译本，凡经作者审阅的，也一律收入，比如《资本论》第1卷，不但刊出通行的恩格斯整理的德文第4版，而且收入马克思生前整理的德文第1、2版，法文版和英文版，以及恩格斯整理的德文第3版；《资本论》第2、3、4卷，不但刊出恩格斯和考茨基加工整理过的正式版本，而且还收入马克思的手稿本。此外，这个版本每一卷都分“正文卷”和与其相应的“学术资料卷”，后者内容包括对原著写作经过和历史背景、文中重要名词概念、史实的注解、原著流传情况简介，手稿原貌描述和版本演变的情况介绍，原著译文详介、人物简介和文献索引、名目索引等等。这个版本如果编辑完成，才可真正称得上马克思恩格斯著述的“全集”。