学科交叉与融合是两个有紧密关联而侧重点又有一定区别的概念。

　　交叉，主要指汇集。如各种方法、各种资料、各种技术在同一个问题研究中分别使用，最终将它们的能力与作用汇集在一起。“汇”从“水”，更似水流聚集。因此更多的是在物理层次、量变层次上的汇集。广西著名的邕江，由左江、右江等三条河聚集而成，所以邕字头上三江水，“邕”在壮语中的意思就是汇集。这实际上就是系统科学中的“集成”思想。

　　融合，更强调相互渗透，合为一体。而“一体”后的事物，既不是融合前原来的“这个”，也不是原来的“那个”，而是产生了“非此非彼”又“即此即彼”的新内涵。例如，生命科学中的细胞融合（Cell Fusion），又称细胞杂交（Cell Hybridization），就是指两个或多个细胞相互渗透，结合成一个新细胞的现象。体外动物细胞的融合，多用一些诱导物质来制得一种新品系的杂交细胞（Hybrid Cell），而这种杂交细胞一般具有很强的生命力，增殖旺盛，这就是融合的意义所在。所以，融合更多的是在化学层次、生命层次、质变层次上的结合。这就是系统科学中的“综合”思想。

　　在社会科学领域，对社会现象及其规律的研究，既包括宏观问题，也包括微观问题；既包含结构性问题，也包含非结构性问题；既包含可定量的问题，也包含难以定量的定性问题；即使一个领域的同一类问题，也有研究目的不同、研究视角不同、研究者学术偏好不同的差异性，因此，在社会科学研究中，不能只依一个理念、从一种角度、用一种方法、使一种工具就能解决问题，特别是当前我们一般遇到的都是较为复杂的社会现象与问题，这就更需要我们在研究社会科学问题时，把社会科学、自然科学与人文科学相结合、科学理论与实际经验相结合、定性与定量相结合、人与计算机相结合，并使这些结合相互渗透、合为一体、即形成融合，融合不仅能涌现出新的前所未有的研究能力，还能涌现出前所未有新的学科分支与学科领域。

　　由此可见，社会科学研究既要运用学科交叉又要运用学科融合，这在系统科学思想中，就是既要集成，又要综合，还需要在集成之上综合，在综合之上集成，即所谓运用综合集成思想。

　　众所周知，系统科学中的综合集成思想是我国以钱学森为首的系统科学家历经几十年探索提出的认识、研究和处理复杂系统问题、体现东方哲学智慧与文化特征的方法论。社会系统是典型的复杂巨系统，因此，学科交叉与融合自然应该成为社会科学研究具有重要指导意义方法论原则。

　　十多年前，我们在研究工作中不断发现，所研究的社会经济问题日趋复杂，如重大工程管理问题不仅涉及到工程技术，而且涉及到社会、经济、环境与人文领域，干系人不仅有政府、企业，而且关系到数量巨大的公众，因此，常因问题变量多、随机性强以及要素关联复杂而无法建立问题的数学模型，至于单纯的定性方法更缺乏分析问题的深刻性与精细化，这在很大程度上反映了传统的社会科学研究方法在复杂社会问题面前的“窘迫性”。

　　从2001年起，我们开始运用以复杂系统为基本理论，综合博弈论、运筹学和统计分析等数学方法、人工社会、元胞自动机、多主体系统、心理学、行为科学、文化基因等多学科交叉的计算实验方法开展对复杂社会系统多要素行为、宏微观层次之间相互影响以及系统整体状态演化规律的研究，研究领域涉及到经济系统演化、公共管理、环境综合治理、重大工程管理等，取得了一定的成功。2006年，南京大学从“大社科”理念出发，正式成立了“南京大学社会科学计算实验中心”，并提供了专门的经费及其他资源，保证了中心的正常运转和持续发展。中心的学术指导思想为“综合性、开放式、创新性、国际化”。仅2008年以来，中心就先后承担了国家社科基金重大项目、国家自然科学基金重点项目、国家科技支撑计划项目等，在《上海三联书店》出版社、《科学出版社》出版了一批学术著作，在国际学术刊物上发表了数十篇学术论文，获得教育部科技进步一等奖，取得了较好的研究成果。目前，除南大几个社科类学院外，还有江苏四五所高校的研究人员以该中心为平台，合作开展社会科学跨学科研究，较好地体现了跨地区、跨单位和跨学科的综合优势。