狭义与广义相对论、量子力学与量子场论、分形几何与系统动力学、现代自组织理论等当代自然科学理论的哲学问题是世纪难题。本书深刻分析了这些悖论与危机的本质，展示了深藏于这些科学成就中的新哲学境界，使这些深奥的科学成就得到根本性理解。同时也发展和丰富了马克思的实践唯物主义本体论——深层生成论，其核心思想是：孤立自在的物质实体是不存在的；世界一切事物及其时空、属性在事物的内在联系中生成，内在联系的不确定性产生世界的量子性与层展结构；认识过程不是“原像—镜像”的对应过程，而是主体与客体之间在实践中相互内在地生成与展示的过程等。