2006年12月，国家社科基金2006年度重大项目《有效惩治和预防腐败的体制和机制问题研究》开题论证会在清华大学举行。参加会议的有课题组全体成员和特邀项目咨询专家等。
　　首席专家孙道祥、任建明教授首先汇报了课题研究的基本情况，并集中听取了特邀与会专家的意见。专家们对该项目研究的重大意义给予了高度评价，对项目研究的重点难点和具体实施提出了宝贵建议。
　　中国教育电视台党委书记黄百炼同志认为，作为国家社科基金的重大课题，该项目还可以关注预防腐败中的自律问题和我国廉政文化建设问题，关注我国需要迫切解决的体制机制问题，其中机制的动力问题是该课题的难点。中央党校教授王贵秀同志认为，课题研究应明确以下努力方向，一是腐败的源头问题，即集权过分集中于“一把手”；二是加强政治体制改革和民主政治建设问题；三是改革党的领导和规范党的权力问题；四是改革和完善选举制度问题等。中央部委出版社联合体秘书长黄苇町同志指出，该课题研究是战略性研究，视野一定要开阔，可以研究中国与国外的差别，如在制度与文化方面区别于国外的特点，要研究我国在基本政治经济制度不变的条件下如何反腐的问题。同时要注意体制与机制的研究是根本，它们的作用也是一个长期的过程。中纪委邵景均同志认为，该项目的选题很好，抓住了腐败的根本问题。要把课题做得有效，必须从中国的国情出发。重点研究基本政治制度问题、基本经济制度问题和机制问题。其中，机制问题主要包括干部任用机制、利益协调机制和文化引导机制等。
　　为了完成好项目研究工作，课题组专门成立了咨询专家组。专家组成员既包括长期从事腐败与反腐败研究的理论工作者，也包括具有丰富实践经验的实际工作者。首批特邀了13名专家，课题组为受邀专家颁发了聘书，聘期3年。课题组还将根据研究需要，继续邀请其他专家，扩大咨询专家组队伍。
　　开题论证会后，课题组集中研究了专家意见和建议，着重讨论了课题总体框架、子课题安排及课题研究的组织协调工作并达成了共识。经过再次调整的课题研究包括以下子课题：我国有效惩治和预防腐败的体制和机制建设规划以及分阶段分步骤实施计划问题研究；中国特色党风廉政和反腐败理论体系研究；有效惩治和预防腐败的制度、体制和机制有效性评价体系研究；有效惩治腐败的体制和机制问题研究；制度预防理论研究；有效监督的体制和机制问题研究——以“一把手”监督为例；用人腐败及深化干部人事制度改革问题研究；公款消费及财政金融体制改革问题研究；司法系统惩治和预防腐败的体制和机制问题研究；国有企业惩治和预防腐败的体制和机制问题研究；治理商业贿赂问题研究；公共信息公开制度建设研究；我国廉洁自律规定现状及防止利益冲突规则体系研究；提升我国反腐败国际合作机制有效性对策研究等。